Depan   Pusat Peneltian    Jurnal    Berita LPPM    Produk Unggulan    Download    Kontak
Penelitian & Pengabdian

Jumlah Penelitian

Riset Unggulan IPB(RUI)

Produk Unggulan


Database Penelitian

Data Peneliti dan Penelitian per Fakultas


Halaman Utama

Abstrak Penelitian


Validasi Marka Molekular untuk Fusarium Indigenous Indonesia

Abstrak

Fusarium adalah cendawan dengan strategi hidup yang luas. Beberapa spesies dikenal sebagai penyebab penyakit penting pada tanaman, hewan dan manusia, spesies yang sama dapat hidup sebagai saprob dan endofit. Penelitian Fusarium spp. di Indonesia telah banyak dilakukan namun identitasnya diragukan, karena identifikasinya berdasarkan ciri morfologi yang sulit dibedakan dari satu spesies dengan lainnya. Penelitian ini merupakan penelitian pertama di Indonesia yang mengidentifikasi Fusarium spp berdasarkan pendekatan filogenetik. Namun demikian identifikasi dengan cara ini memerlukan waktu dan biaya yang cukup besar. Oleh sebab itu marka molekuler Fusarium dipelajari dan digunakan sebagai alat identifikasi yang cepat. Banyak marka molekuler telah tersedia dan perlu diuji coba melalui prosedur validasi. Kegiatan penelitian dibagi dalam 2 tahun. Pada tahun pertama, kegiatan difokuskan pada penamaan 44 galur Fusarium koleksi IPB Culture Collection (IPBCC) berdasarkan pendekatan filogenetik. Pada tahun kedua, koleksi yang teridentifikasi sebagai Fusarium oxysporum digunakan sebagai biakan uji dalam validasi marka molekuler Foc242 dan FocTR4 untuk mengenali F. oxysporum fsp. cubense (Foc) di Indonesia. Validasi marka Foc, sangat diperlukan karena Foc TR4 merupakan ras terganas didunia penyebab penyakit layu panama pada pisang. Penyakit ini menyebabkan ekspor pisang Indonesia ditolak di beberapa negara pengimpor karena terkena batasan karantina. Dari analisis filogenetik berdasarkan daerah ITS pada tahun I, sebanyak 44 nomor koleksi IPBCC adalah Fusarium spp. ITS ternyata berbeda dengan daerah ITS dari outgroup terpilih seperti Aspergillus dan Ganoderma, sehingga ITS dapat dijadikan marka untuk identifikasi sampai dengan tingkat genus. Koleksi dalam genus ini tersebar dalam 7 kelompok kompleks spesies yaitu F. decemcellulare kompleks spesies, FGSC (F. graminearum species complex), FTSC (F. tricintum species complex), FOSC (F. oxysporum species complex), FSSC (F. solani species complex), dan GFSC (Gibberella fujikuroi species complex). Pembagian ini tidak seluruhnya didukung oleh analisis data Ef-1?, sebab konsistensi terlihat hanya pada semua kelompok kecuali F. decemcellulare kompleks spesies. Sebanyak 15 dari 44 koleksi yang terdapat pada FOSC diidentifikasi sebagai F. oxysporum. Galur-galur ini dipergunakan dalam penelitian tahun ke-2 yaitu tentang validasi marka molekuler Foc. Validasi marka molekuler Foc (Foc1/Foc2,FocSc1/FocSc2 dan TR4F/R) dilakukan terhadap 15 koleksi Fo IPBCC sebagai galur uji, 15 galur kontrol positif Foc ras 4 dan control negative 4 galur ras 1 koleksi Balai Penelitian Buah Tropika. Primer TR4F/R memiliki kekuatan identifikasi lebih tinggi daripada FocSc1/2, namun tidak spesifik terhadap VCG 1213/16. Kejadian ini membuktikan bahwa primer-primer yang dikembangkan oleh peneliti dari Taiwan dan Belanda tidak secara tepat dapat mengenali Foc dari Indonesia. Oleh sebab itu primer ini belum dapat direkomendasikan sebagai primer utama dalam identifikasi Foc asal Indonesia. Konfirmasi dengan lebih banyak isolat yang telah diketahui rasnya sangat diperlukan.

Keywords

marka molekuler, fusarium

Lokasi Penelitian

IPB

Bidang Ilmu

Sumberdaya Alam dan Lingkungan

Tahun Penulisan

2014

Pelaksana Penelitian

Biologi - FMIPA

Sumberdana

Jenis Penelitian

DUB

No. Panggil

DUB/013.14/RAH/v

Peneliti Utama

Gayuh Rahayu

Anggota

Okky Setyawati

Iman Hidayat

(c) copyright LPPM-IPB Darmaga - Bogor - Jawa Barat - Indonesia 2009